Det finns en stor mängd program som kan användas för att skapa 3D-objekt vilkas filer kan exporteras till 3D-printrar. Det filformat som är mest använt inom 3D-printing är STL-filer vilket skapadeas av Charles Hull, grundare av 3D Systems. Detta filformat är uppbyggt av triangulära fasetter som kan ha olika storlek. Små fasetter kan ge en finare yta på 3D-objektet. För att definiera objekt i fler färger används normalt VRML-filer.

Några av de programvaror som kan användas för att skapa 3D-föremål och de utfiler som kan användas i 3D-skrivare är:

Blender är marknadens mest utvecklade Open Source-program och innehåller allt. Tar dock lite tid att behärska.
Google Sketchup är ett lättarbetat program som både finns i en enklare gratisvariant eller en Pro-version
Tinkercad är ett lättanvänt och smidigt program
OpenSCAD
Wings3D
Scupltris
3dtin behöver inte installeras utan körs direkt i en webbläsare
FreeCAD